Este tema es más bien con JavaScript que con PHP, ya que el corte se realiza en cliente y no en el servidor, es decir, es el cliente el que tiene que interactuar con la imagen para luego enviar únicamente el trozo cortado.
Échale un ojo a este
blog en el que te vienen muchos script para este cometido, busca el que te guste y el que se adapte más a tu forma de tratar luego el thumbnail desde PHP.
Un saludo.