Si te entendi....
Tu problema es el siguiente....
Cuando utiliza INCLUDE el Navegador no entiende de donde sacastes esa pagina, CREE que es parte del codigo en la que esta actualmente.
¿Por que?
Por que PHP trabaja del lado del SERVIDOR.
Un ejemplo de tu codigo:
INDEX.PHP
Código PHP:
Ver original<html>
<head>
<title>index</title>
</head>
<body>
<?php
include('menu/menu.html');
?>
</body>
<html>
El Navegador lee:
Algo UTIL:
Cuando abras el explorador y no veas los estilos,
click dercho
Ver Codigo de Fuente
vas a notar que los stylos no estan donde dice el navegador, FALTARAN: "../" o "carpeta/...."
Suerte