La linea en blanco la inserta por que no miras si se ha enviado el formulario antes de escribir los datos en el fichero.
Antes de la linea
Código PHP:
$nombre = $_POST['user'];
debes de verificar si se ha enviado el formulario, algo como esto:
Código PHP:
if($_POST){
// Aqui pones tu codigo
}
Pruebalo.
Es una forma de hacerlo, hay mas...