Eso es trabajo del programador, no del programa.
La funcion unlink soporta tando rutas absolutas como relativas
para hacer lo que dices puedes hacer uso de las funciones:
is_dir(); opendir(); readdir(); closedir(); Aqui un ejemplo.
Y para borrar los archivos, puedes hacer un blucle for, contando los directorios y cuando se encuentre el archivo hacer uso de unlink(); con la ruta actual y el archivo