Debes saber que Linq to data por medio de ToList y ToArray es que ejecuta el query a la base de datos y trae los datos a memoria.
Mientras no hagas esa invocacion el siempre estara es creando un query. Si te fijas el no entiende que es lo que haces aquí new CompararListaPaises() porque eso no tiene nada que ver con query.
Entonces lo que puedes hacer primero es pasar el resultado a objeto ejecutando el ToList para retorno y despues pasarlo al segundo linq que haces para llenar sortedRetorno.
Ejemplo:
var find= (from proyecto in contexto.Proyecto
where proyecto.BajaPro.Equals(false)
orderby proyecto.Paises
select proyecto);
List<Proyecto> retorno = find.ToList();
y sigues con tu lógica.