Hola.
En PHP hay una función muy útil que es include(). Esto te permite incluir literalmente una parte de código en donde tu quieras. Un ejemplo:
Código PHP:
Ver original<html>
<head>
<?php
include('styles.php');
include('scripts_js.php');
?>
<title></title>
</head>
<body></body>
</html>
En scripts_js.php tendrías los <script></script> que utilizarás en todas las páginas.
En styles.php los <link /> para los styles. Así de sencillo.
La única pega que tus extensiones de archivo deben ser .php. Eso sí, siempre puedes utilizar el mod_rewrite para que lo cambie.
Un saludo.