realmente la extensión importa poco, dependiendo de como uses el
XmlHttpRequest si usas
responseXML el mismo tratará de interpretar la
respuesta como XML, o si usas responseText en el cual sólo te devolverá texto que puedes pasar con innerHTML a la capa, lo cual tratará de interpretar HTML.
con respecto al otro punto, el verdadero potencial de AJAX se aprecia al usar un
lenguaje del lado del servidor que reciba la petición y en función de ella devuelva una
respuesta dinámica, en principio puedes tener cada contenido separado en diversos archivos *.html, pero es más eficiente almacenarlos ordenadamente en una base de datos y que por medio del lenguaje del server y los valores pasados a la petición (GET o POST) busques el contenido y devuelvas la respuesta
lenguajes del server: PHP, JSP, ASP entre otros, suerte