Sería más lógico que lo solucionaras con php. De todas maneras:
Código PHP:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
<title>Documento sin título</title>
<script type="text/javascript">
onload=function(){
var l=document.createElement('link');
l.rel='canonical';
l.href='123';
document.getElementsByTagName('head')[0].appendChild(l);
}
</script>
</head>
<body>
<div onclick="alert(document.getElementsByTagName('link')[0].href)">test</div>
</body>
</html>