Asegúrate de no estar haciendo algo como:
Código PHP:
htmlentities("España")
Algunas páginas tendrán caracteres especiales (ñ, tildes...) tal cual, y otras no. Si aplicas el mismo método a todas, te verás re-convirtiendo "ñ" a "ñ".
Yo recomendaría hacer primero un html_entity_decode y después htmlentities.