Cuando el usuario se loguea te devuelve una sesión con los datos del perfil del usuario, después debes redirigir al usuario hacia el registro de tu web y debe registrarse. Hay es donde relacionas el usuario,contraseña y demás datos introducidos por el usuario en tu registro con los datos obtenidos de facebook.
También puedes relacionar el token recibido, si lo que quieres es poder tener acceso cuando el usuario no sigue online en tu web pero para eso necesitas un token que no caduque. Lo obtienes pidiendo permiso al usuario "offline_access"
Quizás no es la manera mas correcto, tampoco soy un experto en esto
, pero yo lo hago así con PHP.
Te dejo informacion que te puede ayudar:
http://thinkdiff.net/facebook/new-ja...nect-tutorial/
Saludos.