Hola:
No digo que dejes de usar el sistema que tenías pensado usar, si para tí es efectivo; solo que las librerías tienen sus características, y se distancian de los objetos Ajax normales... de todos modos la forma de subir archivos siempre ha sido con controles file y un formulario con sus características propias (métod, enctype...); y si el target es un iframe oculto, puede parecerse al comportamiento Ajax (asincrono y sin recargar la página).
Saludos
