Creo que tu programa tiene una mala estructura de archivos (módulos) y carpetas (paquetes).
Un programa organizado debería ir mas o menos así:
Código:
├── aritmetica
│ ├── __init__.py
│ ├── mult.py
│ └── suma.py
├── estadistica
│ ├── avg.py
│ ├── count.py
│ └── __init__.py
└── main.py
Donde main.py es tu programa principal, que hará uso de los módulos y paquetes. Que hayas creado.
Así cuando estés escribiendo en main.py solo haces lo siguiente:
Código:
#main.py
from aritmetica import suma
from estadistica import avg