Desde hace ya bastante tiempo, creo que más de dos años, el tema de utilizar el atributo nofollow para distribuir el link-juice, pasó a mejor vida.
Te dejo enlace por si te interesa ver la fuente.
El tema, utilizar javascript para los enlaces en los que antes pondríamos el nofollow (contacto,aviso legal, etc....)
En páginas muy grandes, portales, etc.....para repartir bien el link-juice, en mi opinión lo que más importancia tiene es el enlazado desde la home.
Los típicos enlaces de productos más vistos, últimos productos añadidos, etc.....sirven mucho para darle más fuerza a las partes de tu web que más te interesa posicionar.