Analizado desde cierto ángulo, si tienes una relación entre tablas de dos diferentes bases, en realidad tienes una sola base, sólo que no está bien planteada... pero es una forma de verlo.
En realidad, cuando trabajas con bases de datos súmamente grandes lo que debe considerarse es la necesidad de usar bases de datos distribuidas, y no necesariamente "repetir" datos.
Hay muchas soluciones para lo que necesitas. En cualquier caso lo que te conviene es investigar un poco más el tema.
Un link útil:
http://www.databaseanswers.org/data_models/