Dos ediciones diferentes de la misma obra, incluso de la misma editorial, tienen ISBN diferente si hay cambios de formato. Eso lo manejan las las editoriales al darle de alta la declaración del libro en las Cámaras respectivas.
Si no lo están haciendo, eso es responsabilidad de la editorial.
Fuera de eso, es posible perfectamente comparar un conjunto de campos contra otro conjunto similar de dos tablas diferentes. Se hace con subconsultas en el WHERE y usando la subconsulta dentro de un IN()
La única condición es que la cantidad de campos de la tabla debe ser igual a los campos tomados en el SELECT de la subconsulta.