Hay una librería que permite jugar con los videos desde PHP. Se llama
FFmpeg.
Nunca la he usado ni nada pero sí he escuchado a gente hablar de ella y al menos sé que una de las cosas que hace es crear thumbs de videos pero no creo que sólo haga eso, hará muchas cosas más, solo es cuestión de investigar acerca de ella y quizás des con lo que quieres. De hecho, sin conocerla, me atrevería a decir que jugando un poco con ella y tal creo que consigue hacer lo que quieres.
Saludos,
