Gracias vgonga1986 por tu respuesta. Pues se que la pregunta suena rara y ya con la aclaración que me has dado quisiera complementar un poco mi pregunta. Yo pensaba que a través de la gestión de permisos de los archivos uno podía controlar los derechos que tienen los usuarios del sistema para utilizarlo tal y como se hace en linux. Mejor dicho una especie de combinación entre los permisos que le das al usuario a traves de la creación con grant (es decir hacer consultas, crear tablas, actualizar datos, etc) y con la gestión de permisos realizar ciertas limitaciones (por ejemplo que ciertos usuarios no puedan leer un archivo o descargar fotos de usuarios que no sean sus amigos en una red social, solo es un ejemplo).
Cita: Los permisos de linux son para restringir en local en el ordenador en el que residen los ficheros (en este caso, en el servidor) y dichos permisos te van a valer únicamente para los usuarios o grupos de usuarios que estén registrados en el ordenador, no en tu aplicación web.
Con esa aclaración que haces ya me queda un poco mas claro. Como en la gestión de permisos existe tres tipos de usuario (propietario, grupo y los demas) ¿como se hace para definir esto cuando se crea un usuario con grant? Como ven no tengo mucha información del tema y necesito un lugar donde pueda a empezar a leer una explicación mas clara sobre la creación de usuarios y todas sus variables. (que por lo menos en phpmyadmin he visto que son bastantes).
No se si con esta aclaración ya esta mas claro el tema o aun estoy medio perdido. Espero haber sido claro, de antemano gracias por la atención.