Puede que halla un modo, no estoy muy seguro, pero vas a necesitar hacer lo siguiente:
1. Supongamos que quieres obtener el contenido de todo el html, eso se haría con
document.getElementById("idDelElemento").innerHTML
sin importar si has generado algún contenido dinámico, en ese momento, con el innerHTML, te va a aparecer. Intenta haciendo un alert y verás.
2. Suponiendo que todo, las tablas, los filtros, y el contenido orden están justo en ese momento, en sus posiciones actuales, digamos, entre un div que los contiene, puedes empezar a buscar los elementos que necesitas, y luego enviarlos mediante ajax, a un script php o asp, lo que sea q uses.
3. Dependiendo de lo que recibas los procesas, lo organizas y listo. La ventaja de esto, es que hay extensiones pdf para php, que reconocen las sintaxis de <table>,<tbody>,<thead>,<tr>,<td>,<caption>, y con esto puedes armas las tablas que necesites, tendrías que averiguar sobre el tema. Creo también que hay extensiones pdf para php, que entienden CSS, pero eso si tendrías que averiguarlo.
Acuerdate innerHTML, es tu amigo para saber cual es el contenido actual de un div, span, p, o lo que sea