Cita:
Iniciado por Emirodgar 
Imagino que en vez de duplicidad de enlaces te referirás a duplicidad de páginas.
Con respecto a tu duda, si tu enlazado interno apunta solo a .html en vez de .php no tendrás ningún problema, no se indexarán dichos ficheros.
En el caso de que algún .php fuese indexado o bien lo eliminas desde webmasters tools o utilizas el atributo canonical
Exacto, me referia a duplicidad de paginas, gracias por la corrección.
Con respecto al enlazado interno quería hacer una pregunta. Tengo cuatro enlaces que no corresponden al contenido en si de la página (registro usuario, nuevo usuario) y sus equivalentes cuando el usuario esta registrado (pagina del usuario y cerrar sesión) Estas paginas no las he pasado con mod_rewrite a html por cuanto no deseo que estas sean indexadas ya que solo son utiles cuando la persona llego a mi pagina (es obvio que uno no desea que un usuario llegue y desde google acceda a una de ellas) ¿Es necesario que este enlazado interno tambien este en html?
En caso de que la respuesta sea afirmativa me podrias explicar un poco de que va el atributo canonical y donde puedo encontrar información de como configurarla? Gracias de antemano por la colaboración.