Podrías ir agregándolos a un arreglo, verificando que no exista el valor repetido, y luego agregarlos, seria algo así:
Código PHP:
<?
include('con.php');
$codigos = array();
$fp = fopen('lista.csv', 'r');
while ($data = fgetcsv($fp, 1000, ";")) {
if(!in_array($data[1], $codigos)){
$codigos[] = $data[1];
}
}
foreach($codigos as $codigo){
$insertar="INSERT INTO tabla (campo_codigo) VALUES ('$codigo')";
mysql_query($insertar);
}
fclose($fp);
?>