Entonces tienes serios problemas de sintaxis, pues de hecho todo tu código es incorrecto.
Esta sería una versión válida de lo que intentas:
Código PHP:
$tree_data = array();
$leer = mysql_query("SELECT nombre FROM ciudad GROUP BY nombre");
while($row=mysql_fetch_row($leer)) {
$tree_data []= array('url' => "???", 'parent' => "???", 'name' => $row[0]);
}
De verdad, te sugiero leer bastante acerca del lenguaje, no puedes programar tratando de adivinar no más.