No, tu pregunta no es idiota.
Sobre el <a>, se puede omitir el function, quedando así:
Código PHP:
Ver originalecho '<a onclick="window.open(\'link.php\');">Megalink!</a>';
el \' es por que si vas a poner comillas en el onclick=" no puedes poner nuevamente comillas en la url, el código que te puse quedaría en HTML así:
Código HTML:
Ver original<a onclick="window.open('link.php');">Megalink!
</a>
respecto al problema original, a simple vista no veo por qué está imprimiendo así.