Gracias a todos, la función me quedó de la siguiente manera:
Código PHP:
function clicks_by_day($url, $days){
$temp = $this->path."clicks_by_day?login=".$this->user."&apiKey=".$this->key."&shortUrl=".$url."&format=json&days=".$days;
$data = file_get_contents($temp);
$json = json_decode($data, true);
$clicksByDay = $json['data']['clicks_by_day'][0]['clicks'];
$data = array();
for($i = 0; $i < count($clicksByDay); $i++){
$data[$clicksByDay[$i]['day_start']] = $clicksByDay[$i]['clicks'];
}
return $data;
}
Igual me regresa un arreglo pero ya con los valores que necesito, los cuales utilizaré con la API de google para hacer graficas google chart, gracias.