no me parece que sea un problema de permisos, yo iria descartando cosas
crea un .htaccess en la raiz con
Código Apache:
Ver originalOptions -Indexes
Directory Index algo.php
crea en tu public_html un archivo algo.php con alguna instrucción sencilla y fijate si funciona, con eso ya estás verificando la funcionalidad de tu .htaccess y la ejecución de php
Después se puede ir verificando el resto
Saludos