Hola:
Dónde colocarlo dependerá de ¿Para qué lo quieres?... si es para cerrar una sesión, o para otro tipo de enlace, y que sirva para cancelarlo, deberá ser en el evento asociado al enlace...
Código:
<a href="cerrar_sesion.php" onclick="return confirm('¿Está seguro?')" >cerrar sesión</a>
Si es para otra cosa, será mejor que lo digas...
Saludos
