Yo hice un script en PHP hace un tiempo que realiza esta tarea justamente.
Acá tenés un demo:
http://nahueljose.com.ar/ejemplos/re...-un-thumbnail/
Subí la imagen y verás cómo la recorta. Acá tenés el artículo donde postié la función que realiza la tarea:
http://nahueljose.com.ar/articles/re...-un-thumbnail/
Tiene la limitación de que sólo permite JPG, pero estimo que no es TAN complicado modificarla para adaptarla a otros formatos.