Aparte de patentar tu software con una licencia, puedes también encriptar tu código o en su defecto ofuscarlo.
Para encriptar (sólo he escuchado de programas de pago):
Source Guardian ->
http://www.sourceguardian.com/
ioncube ->
http://www.ioncube.com/
zend guard ->
http://www.zend.com/en/products/guard/
Para ofuscar el código:
PhpObfuscator ->
http://code.google.com/p/phpobfuscator/
Éste ultimo, ya no es desarrollado...
Saludos,