Estructura sitio web

[Raziel_Ravenheart]

Hola a todos,

Ahora tengo una nueva duda, me gustaría saber, segun uds, como se puede estructurar un buen sitio en php. Mi problema es el siguiente: Como cualquier sitio, cuento con scripts tanto de php como de javascript y ajax, para generar un sitio dinámico como cualquier otro, el caso es que aunque conozco las técnicas básicas, no se como estructurar el sitio, es decir, en el host tengo los archivos cada uno en directorios, pero se me hace que ya van muchos archivos para un solo directorio, y la vdd no me parece algo agradable.

Además no estoy seguro si dejar cuatro archivos por tabla, es decir con funciones de busqueda, inserción, modificación y/o eliminación, cada una en sus carpetas por aparte, o si dejar todas las funciones comunes en un archivo para todas los gestores de las tablas.

En fin, me gustaría saber que recomendaciones tienen y como puedo hacer que mi sitio se vea más ordenado. Como distribuir las funciones de php y javascript, además de cuando, hablando de javascript es necesario dejar el código en la misma página o dejarlo por aparte en un archivo js. En cuanto a php, me gustaría evitar hacer tanto include, pero al dejar muchas funciones en un archivo este empieza a volver aburridor de leer.

Muchas gracias por sus opiniones.