@marvin en la primera forma sólo pusiste la clave y el valor donde lo dejas? Bueno tal vez él lo necesite así pero sigo pensando que se está complicando la vida y la segunda forma es exactamente a lo que yo dejé, no hace falta dar un recorrido tan largo.
Código PHP:
Ver original<?php //Obviamente va dinámicamente
$arr['name']['Inicio'] = 'Inicio';
$arr['link']['http://local'] = 'http://local';
$arr['subt']['Volver al inicio'] = 'Volver al inicio';
$arr['name']['Productos'] = 'Productos';
$arr['link']['http://local/2'] = 'http://local/2';
$arr['subt']['Nuestros Productos'] = 'Nuestros Productos';
echo '<pre>';
echo '</pre>';
Creo que eso es lo que estás buscando, pero a la larga lo que quieres te va a poner problema, si se repite cualquier nombre o link se va a reemplazar si lo haces como quieres. Saludos