Hola
Si te he entendido bien desea que la gente no pueda acceder por ejemplo a
http://www.misitio.com/aplicacion/modulo1/ o que si acceden que pida usuario y contraseña
¿Es asi?
¿ Has probado a poner htpassword en la carpeta aplicación ?
¿O un htacces de manera que si acceden a
http://www.misitio.com/aplicacion/modulo1/ le redireccione a otra url o algo asi?
Saludos