[masterpage, updatepanel y fileupload] no se puede subir archivo

[Korreca]

El control FileUpload no funciona con el update panel ni funcionará nunca ya que depende de un postback completo para ello.

Tienes dos opciones:

1- Obtener un control de terceros para subida de archivos asíncrona (UpdatePanel)
2- Añadirle al UpdatePanel PostBackTrigger con target a tu FileUpload

Ahora bien... realmente la mejor es una tercera... no gestionar nunca tooooda la aplicación con un update panel... para el rendimiento.. es una locura. Es incluso mejor usar 10 update panels diferentes pero solo donde realmente se necesiten o mejor todavia... no usar update panels y manejarlo con un Ajax mas puro, consumiendo WebServices desde javascript con ayuda del ScriptManager y actualizando la web con javascript