Gracias a danneg por ayudarme con el código, ahora funciona correctamente:
Código:
<link rel="stylesheet" href="shadowbox/shadowbox.css">
<script src="shadowbox/shadowbox.js"></script>
<script>
Shadowbox.init({skipSetup: true});
window.onload = function() {
Shadowbox.open({
content: 'http://www.youtube.com/embed/NpGebexrCUQ',
player: "iframe",
title: "carga youtube",
width: 425,
height: 349
});
}
</script>