Cita:
Iniciado por nonato 
No te he entendido bien, la css la tengo así
<link rel="stylesheet" href="css/style.css" type="text/css" media="screen" />
En el directorio raiz tengo un directorio llamad css donde tengo todas las css igual que tengo otro llamado js donde tengo todos los javascript.
El problema que sufres, lo puedes solvendar agregando la siguiente etiqueta en tu header:
Cita: <base href="http://www.tudominio.com/" />
Saludines