Cita:
Iniciado por jjjericu 
toma una idea todo no lo puedes hacer al mismo tiempo
No coincido. El desarrollo web gira en torno a hacer todo al mismo tiempo.
A menos de que formes parte de un equipo enorme con miembros especializados en cada aspecto del diseño y la programación, es importante conocer las herramientas (Photoshop, HTML, CSS, JavaScript, PHP, MySQL), pero más importante aún es saber cómo interactúan entre sí.
Te recomiendo armar un blog desde cero. Eso involucra todas las tecnologías más populares, y prácticamente todos sus usos más comunes.
Si es necesario, montá un blog WordPress, y echale una ojeada a su código para inspirarte. Con eso deberías poder responder tus preguntas sobre organización de archivos, y mucho más.
El blog debería tener:
- Un diseño funcional y visualmente atractivo, maquetado sin tablas.
- Página de índice, entrada completa, archivo mensual, y páginas estáticas.
- Sistema de tags.
- Comentarios, con validación de datos (nombre del usuario, e-mail, sitio web, contenido potencialmente peligroso, etc.) y captcha de reCAPTCHA.
- Feed de noticias RSS y/o atom.
- Integración con redes sociales (botón de "me gusta", botón "+1", etcétera).
- Panel de control para publicar nuevas entradas y administrar el blog, con sistema de login por medio de sesiones.
- Sistema de usuarios múltiples que permita definir "administradores" que pueden modificar la configuración del blog, y "editores" que sólo pueden publicar entradas nuevas.
- Un editor de texto enriquecido para crear nuevas entradas.
- Una panel de administración de entradas que permita editarlas o borrarlas por medio de AJAX.
- URLs amigables por medio de un archivo .htaccess.
Cuando completes ese proyecto vas a dominar una cantidad enorme de técnicas indispensables para el desarrollo web.