Lo conseguí:
Código:
$grupos_por_curso=mysql_query("SELECT name FROM ".$CFG->prefix."groups WHERE courseid = $curso");
while($re_grupos_por_curso = mysql_fetch_array($grupos_por_curso)){
$lista1=$lista1."-".$re_grupos_por_curso[name];
}
$array_por_curso=explode("-",substr($lista1, 1));
Esto ya funciona con array_intersect().
He tenido que convertir en cadena de texto y volver a convertir en array porque el que sacaba mysql_fetch_array sacaba arrays dentro de arrays. No sé si será muy ortodoxo, pero ha quedado limpio y funciona.
Gracias por las aportaciones.