Podrías utilizar GIMP , primero haces el logo y las imagenes que necesites, y luego haces un gif...y lo guardas con la mejor opción posible de colores (no a 256 colores).
pero entonces recuerda que tu gif no debe quedar muy grande, pues la página se demorará mucho en cargarlo. Si quieres una animación grande entonces te recomiendo flash.
ejemplo flash, sería como en esta pagina que estoy haciendo:
http://sir.net78.net/
descarga GIMP :
http://the-gimp.softonic.com/descargar, pero también esta disponible para linux y otros SO.
falta por decir que GIMP trae la opción : crear logo, en donde encontrarás muchos modelos,
un ejemplo:
http://3.bp.blogspot.com/_njsLaoXo3Q.../congelado.gif