buenas
Nekko tengo una gran duda, los temas complicados me dan un poco de ganas de investigar, según lei en todos lados e incluso en el link que colocas tu problema es que el autosave solo guarda el titulo y content y no los custom_fields, entonces porque no desabilitas este?? la otra respuesta que me llamo la atención fue esta
Cita: I have solved this issue.
You need to add a conditional statement checking to make sure that data is present before actually updating custom fields. This is because the autosave feature does not grab all the data, it only grabs the title and post content so when it autosaves it erases all the other data
ahora no me he metido con custom_fields por lo que no te puedo dar un código realizado, pero estas haciendo la validación que indica el amigo de que esten todos los datos?? espero que te pueda dar una idea lo que te indico, saludos