Hola:
Depende un poco de la distribución de linux que uses, pero suele haber un directorio /etc/rc3.d o similar en el que están los scripts que arrancan los servicios de linux. Tendrías que hacerte un script similar a los que hay ahí, pero arrancando tu programa java. Son esos scripts los que implentan lo que hay que hacer con start, stop, etc.
http://luv.asn.au/overheads/linux-startup.html
Se bueno.