En cuanto a hacerlo como quieras y después que la imprenta lo rectifique, creo que es un error, además seguramente te lo cobrarán y dependiendo de la complejidad, de si le mandas el archivo raíz o el pdf final, o si tienes una carpeta con los "estilos de color" de ese archivo propio, es complicar y complicarse la vida.
La separación la hace el computador, repito, y en algunos programas dando a imprimir, separación de colores, salé cuales serán esas separaciones y los colores que le corresponden. (como en la foto de arriba). Todas las planchas son negras, sí pero no es que se pasen a tintas negras los archivos.