php y ficheros zip

[repara2]

No es peligroso, puedes user unlink una vez que se haya descargado, para lo cual debes diferenciar los archivos descargados de los que no se han descargado aún.
Además tienes que preveer que algunos usuario crearán el archivo y luego no lo descargarán, entonces el directorio se irá llenando de temporales. Otra opción es darles a los archivos un tiempo de vida, pasado el cual, los archivos se borran automaticamente. No hace falta un cronJob, puedes ejecutar la función de limpieza cada vez que el usuario carga la página, salu2!