Tienes que darnos detalles de qué forma llamas a la consulta.
A grandes rasgos, al ejecutar la consulta antes de llamar al proceso debes mostrar un gif de progreso.
Esto se puede hacer de varias formas:
1.Teniendo un div oculto con dicho gif y dándole propiedades de visible al querer mostrarlo,
2.Creando un nuevo div con el gif dentro.
3.Tendiendo un div vacío que al momento de mostrar el gif le coloque el html (innerHTML) del gif.
Lo importante es que tu consulta no sólo te devuelva los datos de la consulta, si no que también te devuelva una llamada javascript que oculte o elimine el div o quite el html del gif (según el método con el que lo hayas mostrado, ahora a la inversa).
En mi opinión, lo más sencillo es lo siguiente:
Si tu consulta es ajax y te devuelve los resultados en un div en concreto, antes de llamar la consulta colocas en dicho div el html del gif, algo sí como:
document.getElementById('mi_div').innerHTML='<img src="reloj.gif">';
Luego, cuando tu proceso realice la consulta y te devuelva el resultado en el div, solito borrará el gif del reloj y lo sustituirá por el resultado de la consulta.