mmm si puede ir en el head, en google analytics dice:
Cita: Una vez localizado, copie el fragmento de código y páguelo en la página web inmediatamente antes de la etiqueta de cierre </body>*. Si el sitio web utiliza plantillas para generar las páginas, inclúyalas justo antes de la etiqueta de cierre </head>
yo dije que lo situé al final osea antes del cierre </body> esto por experiencia propia al recibir estadísticas a mi punto de vista mas precisas ya que el script se ejecuta hasta que la pagina se ha cargado completamente.
al igual cuando tuve la incidencia hace algunas semanas, el script lo tenia en el <head> al parecer estaba entrando en conflicto con otro script causando malas estadísticas, colocandolo al final del documento se solvento mi problema...
que era algo similar ... por decir 400 visitas unicas y solo 8 paginas vistas
aunque como reitero es por mera experiencia no porque sea la mejor forma, habrá quienes digan que es mejor en el <head>