Vale, ahora veo que no nos hemos entendido... o eso creo.
La pregunta era cómo relacionar un archivo javascript con otro. Por ejemplo:
xxx.js Código PHP:
//Esto es un archivo javascript ( por ejemplo, jQuery() )
yyy.js Código PHP:
//Esto es otro documento javascript
->Desde aquí, me gustaría invocar una función del archivo xxx.js
¿Esto se puede hacer?