¿Y si antes de
Código PHP:
$especies_procesar = str_replace("#",",",$_POST['especies']);
haces algo así?
Código PHP:
$especies_procesar = $_POST['especies'];
if($especies_procesar[0] == '#') $especies_procesar[0] = ''; //Elimina el primer #
$especies_procesar = str_replace("#",",",$especies_procesar); //Cambia el resto de # a comas