Gracias por tu respuesta.
Ahí no aparece $java_path dentro de system porque es como lo tenía al principio, pero he probado a ponerlo dentro tal que:
Código PHP:
system($java_path . 'command_user' . $USER->id . '.sh', $output);
y he seguido obteniendo el mismo resultado.
No sé si es a eso a lo que te refieres.