Lo primero sería setear los nombres de los campos como un array para que PHP tome los diferentes valores, es decir, hacer:
<input type="checkbox" name="nombre_software[]" value="" />
Ahora en tu script que procesará ese formulario solo basta con iterar como si fuera un array comun y corriente e insertar los datos:
Código PHP:
Ver originalforeach($_POST['nombre_software'] as $software) {
//mysql_query("INSERT INTO BORRAR (borrar) VALUES('$software')");
}
Realiza las pruebas correspondientes y dime como te fue.