Lo que si que es muy importante para el rendimiento es el siguiente.
- Si tu base de datos es del tipo MyIsam tienes que indicar cuáles campos son índices para que las consultas sean realmente rápidas. Crear un índice es como indicarle a MySQL que dicho campo se suele utilizar para realizar búsquedas por lo cual, el guarda internamente un listado aparte preparado para relacionarlo con las demás tablas.
- Si tu base de datos es del tipo InnoDB entonces tienes una cosa que es integridad referencial. Puedes decir que un campo es clave ajena de otro (clave de otra tabla) por lo cual tienes automáticamente los índices comentados anteriormente más otra serie de ventajas.
Sé que estos conceptos al principio suelen ser complicados de entender, pero te recomiendo encarecidamente que los leas y comprendas por que en un sistema donde pudieras tener cientos o miles de comentarios es algo importantísimo.
Aquí tienes más información sobre las diferencias entre estos dos motores de MySQL
http://www.tufuncion.com/myisam-vs-innodb