No estoy seguro de entenderte.
Código HTML:
Ver original<a href="#" onclick="windows.alert ('<?php echo $variable;?>')">Enlace
</a>
Esto, salvo algún error de sintaxis que haya puesto, funciona debido a que el HTML es generado después del PHP y al pulsar sobre el enlace se imprimirá el valor de
variable
Intentaré ser un poco más claro:
Este es tú código:
Código HTML:
Ver original<a href="#" onclick="windows.alert ('<?php echo $variable;?>')">Enlace
</a>
Este es el código tras la interpretación de PHP suponiendo un valor de $variable
Código HTML:
Ver original<a href="#" onclick="windows.alert ('esto-vale-la-variable')">Enlace
</a>
Por lo que cuando ejecutes el botón imprimirá dicho texto.