concuerdo con los demás, la mejor forma de depurar JS es con el navegador + herramientas como Firebug y la que implementa Chrome (entre otras)
los IDE's como NetBeans (entre otros) te permiten validar sintaxis y hasta te proveen de
intellisense o completado de código.
Por lo del GUI, allí no conozco una herramienta gráfica, pero existen FW como jQueryUI, YUI, Dojo, ExtJS, entre otros que te brindan elementos y widgets para GUI's enriquecidas y dinámicas para software administrativo sobre web, en cambio para la web sería recomendable un Fw de formularios como Zend, Symfony Forms (php), o un FW web MVC del servidor, suerte
