Al procesar el formulario recibiras 3 arrays con la misma cantidad de elementos cada uno, todo lo que tienes que hacer es recorrerlos, tomar los valores y hacer la actualizacion en la base de datos.
Ejemplo:
Código PHP:
Ver originalfor($i = 0; $i < count($_POST['comercio']); $i++) { // Aqui tomas cada elemento de $_POST[variable][$i] y haces lo que necesites.
}